Pada 21 April 2021, Panglima Tentara Nasional Indonesia Marsekal Hadi Tjahjanto mengumumkan bahwa KRI Nanggala telah gagal melaporkan statusnya setelah melakukan latihan penembakan torpedo di Laut Bali, sekitar 95 km (51 mil laut) di utara Pulau Bali.

TNI AL menyatakan bahwa KRI Nanggala meminta persetujuan pada pukul 03.00 WIB untuk menyelam dan menembakkan Torpedo SUT.

Pada pukul 04.00 WIB, KRI Nanggala memasuki tahap penggenangan tabung torpedo. Komunikasi terakhir dilakukan pukul 04.25 WIB ketika komandan gugus tugas latihan memberikan persetujuan bagi Nanggala untuk menembakkan torpedo nomor 8.

Tjahjanto mengatakan bahwa mereka hilang kontak dengan kapal selam tersebut pada pukul 04.30 WIB.

TNI AL kemudian mengirimkan panggilan bahaya (distress call) ke International Submarine Escape and Rescue Liaison Office sekitar pukul 09.37 WITA untuk melaporkan adanya kapal yang hilang dan memiliki kemungkinan tenggelam.

TNI AL juga menjelaskan kemungkinan KRI Nanggala mengalami mati listrik sebelum tenggelam ke kedalaman 600 hingga 700 meter.

Saat dilaporkan hilang, KRI Nanggala membawa 53 orang yang terdiri dari 49 awak, 1 komandan, dan 3 spesialis senjata.

Kolonel Harry Setyawan merupakan awak yang memiliki pangkat tertinggi.

Kapal ini juga diawaki oleh Letkol Heri Oktavian sebagai komandan kapal selam.

Pada 22 April, Laksamana Pertama Julius Widjojono mengatakan bahwa cadangan oksigen di Nanggala masih cukup bagi 53 orang hingga Sabtu, 24 April pukul 03.00 WITA.

Juru bicara TNI Angkatan Laut, Laksamana Pertama Julius Widjojono mengumumkan bahwa tiga kapal perang yaitu KRI Diponegoro (365), KRI Raden Eddy Martadinata (331), dan KRI I Gusti Ngurah Rai (332) beserta tim penyelam telah dikerahkan.

Janes Defence News melaporkan bahwa beberapa kapal perang lainnya juga dikerahkan menuju lokasi pencarian.

Kementerian Pertahanan mengatakan bahwa pemerintah Singapura, Australia, dan India telah merespons permintaan bantuan yang dikirimkan oleh Pemerintah Indonesia.

Angkatan Laut Republik Singapura mengerahkan bantuan kapal MV Swift Rescue, sementara Angkatan Laut Kerajaan Malaysia mengerahkan kapal MV Mega Bakti menuju lokasi pencarian di Laut Bali.

Hingga Kamis, 22 April, TNI AL telah mengerahkan enam kapal lain menuju area pencarian.