Saat validasi organisasi Kepoli kedudukan Direktorat Pol Airud berubah menjadi Direktorat Polisi Perairan dan Direktorat Polisi Udara 2002, tanggal 17 Oktober 2002 dengan sebutan Perairan Babinkam Polri dan pejabat Direktur Polair yang pertama adalah Brigjen Pol FX. Sunarno, SH.

Dengan tugas pokok Polisi Perairan adalah membina dan menyelenggarakan fungsi Kepolisian Perairan tingkat pusat dalam rangka melayani, memelihara keamanan ketertiban masyarakat dan penegakkan hukum di wilayah perairan Indonesia.

2005 - 2008

Berdasarkan Surat Keputusan Kapolri No. Pol. : Skep / 190 / 111 /2005, tanggal 3 Maret 2005 Pimpinan Polisi Perairan (Direktur Babinkam Polri) diserahterimakan kepada Brigadir Jenderal Polisi I Nengah Sutisna, MBA. Untuk melanjutkan tugas pokok Polisi Perairan tersebut selaku pimpinan yang baru selalu mengoptimalkan tugas menggunakan alut yang dimiliki saat ini yaitu sebanyak 44 unit kapal

2008 s/d 2009

Berdasarkan Skep Kapolri No.Pol. SKEP / 209 / VI / 2008 tanggal 6 Juni 2008 Lingkungan Kepolisian Negara Republik Indonesia, maka jabatan Direktur Kepolisian Perairan Babinkam Polri selanjutnya digantikan oleh Brigjen Pol. Drs. Abdu Perairan, menerapkan Penjabaran Program Akselerasi Utama Polri di Lingkungan Kepolisian Perairan

2009 - Sekarang

Berdasarkan Skep Kapolri No.Pol.: SKEP / 488 / X / 2009, tanggal 17 Oktober 2009 tentang pemberhentian dan pengangkatan jabatan di lingkungan Kepolisian Negara Republik Indonesia, maka resmilah Brigjen Pol Drs. Budi Hartono Untung menjabat sebagai Direktur Polair Babinkam yang baru sampai dengan sekarang.

Dalam melanjutkan tugas pokok Polisi Perairan tersebut selaku pimpinan yang baru selalu mengoptimalkan tugas-tugas dengan menggunakan alut yang dimiliki saat ini yaitu sebanyak 56 unit kapal patroli polisi.

Melakukan program Akselerasi Utama Polri di lingkungan Polair
a. Program pemberdayaan 6 SATPOLAIRWIL.
b. Program peningkatan peran dan kemampuan lidik dan sidik oleh Polisi Perairan.
c. Program pengadaan kapal Patroli Type C untuk Polres Perairan melalui anggaran KE 2005.
d. Penggunaan informasi teknologi (IT), untuk kepentingan pelayaran, teleconference, publikasi dan posisi kapal.
e. Meningkatkan kemampuan dan peran Pusdik Polair serta rancang bangun Puslat Polair.
f. Kerjasama Luar negeri melalui wadah Aseanapol.