Selain layanan penumpang, PELNI juga mengoperasikan 30 trayek kapal perintis yang berperan sebagai aksesibilitas bagi masyarakat di wilayah 3TP, dengan total 522 ruas yang mencakup 230 pelabuhan.
Di sektor logistik, PELNI mengelola delapan trayek tol laut serta satu trayek khusus untuk kapal ternak. Selain itu, perusahaan juga mengoperasikan 18 kapal rede yang mendukung distribusi barang di berbagai wilayah Indonesia. (Erna Djedi/rls)