Setelah hijrah ke Pulau Jawa, Junaidi bekerja di Lembaga bantuan Hukum (LBH) Nusantara, Bandung (1996) dan Jakarta (1998) sebagai Direktur.
Selain aktif di LBHN, Desmond Junaidi Mahesa juga aktif di Presidium Nasional Walhi (1995-1996), Konsorsium Pembaharuan Agraris (KPA, mulai 1994), Forum Demokrasi (Fordem) dan SPIDE (Solidaritas Pemuda dan Mahasiswa Untuk Perjuangan Demokrasi). Setelah bebas dari penculikan, bersama aktivis kampusnya ia mendirikan yayasan Dalas Hangit (Yadah) di Banjarmasin, Mesi 1998. Ia juga tercatat sebagai Ketua Yayasan LBH Banjarmasin.
Setelah penculikan dan kembali ke Jakarta, Desmond membuka Kantor Hukum Des & Des di Jakarta pada 1998. Pada tahun 2000 kantor Hukum ini berganti anma menjadi “TREAD’S & Associate”.
Di antarakasus yang pernah ditangani adalah kasus Planet Bali, Kartini di Uni Emirat Arab, Bank CIC dan kasus Bank Kesawan. Dan yang mengagetkan, di antara kliennya ada yang bernama Tomy Winata, salah satu pemilik Group Artha Graha.
Desmond mendampingi TW dalam rapat dengar pendapat umum Komisi I DPR pada 27 Maret 2003. Dalam pada itu ia menyelesaikan studi S2 di Sekolah Tinggi Ilmu Hukum Islam, Jakarta, 2004, dengan tesis mengenai reklamasi dan perlindungan lingkungan hidup.
Tanggal 1 Oktober 2009 Desmond Junaidi Mahesa dilantik menjadi anggota DPR RI mewakili rakyat Kalimantan Timur.
Ia duduk di komisi III dan Badan Anggaran DRP RI. Diurus Desmond, fraksi langsung tancap gas. Fraksi partai Gerindra menjadi satu-satunya fraksi yang menolak Rancangan APBN 2010.