Yudo Margono dilahirkan dan dibesarkan di Desa Garon, Kecamatan Balerejo, Kabupaten Madiun, Jawa Timur, dari keluarga sederhana yang berprofesi sebagai Petani.

Ia mengeyam pendidikan dasar di SDN 02 Garon dan menamatkan Sekolah Menengah Atas di SMA Negeri 1 Mejayan.

Selepas lulus SMA, Yudo mendaftar di Akabri bersama teman-temannya. Namun dari 12 temannya, hanya Yudo yang masuk dan diterima di Akademi Angkatan Laut.

Pendidikan militer
AAL (1988 A)
Kursus Korbantem (1989)
Kursus Perencanaan Operasi Amphibi (1990)
Kursus Pariksa (1992)
Dikspespa/Kom Angkatan 6 (1992/1993)
Diklapa ll/Koum Angkatan 11 (1997/1998)
Seskoal A-40 (2003)
Sesko TNI A-38 (2011)
Lemhannas Rl PPRA A-52 (2014)

Riwayat jabatan

-Asisten Perwira Divisi (Aspadiv) Senjata Artileri Rudal di KRI YNS 332 (1988)
-Kadep Ops KRI Ki Hajar Dewantara 364
-Palaksa KRI Fatahillah 361
-Komandan KRI Pandrong 801
-Komandan KRI Sutanto 877
-Komandan KRI Ahmad Yani 351
-Komandan Lanal Tual (2004—2008)
-Komandan Lanal Sorong (2008—2010)
-Komandan Satkat Koarmatim (2010—2011)
-Komandan Satkor Koarmatim (2011—2012)
-Komandan Kolat Koarmabar (2012—2014)
-Paban II/Opslat Sopsal (2014—2015)
-Komandan Lantamal I Belawan (2015—2016)
-Kepala Staf Koarmabar (2016—2017)
-Pangkolinlamil
-Pangkoarmabar (2018)
-Pangkoarmada I (2018—2019)
-Pangkogabwilhan I (2019—2020)
-Kasal (2020—Sekarang)