Muladi selanjutnya dipercaya untuk mengemban jabatan sebagai Dekan Fakultas Hukum, Universitas Diponegoro, Semarang, pada 1986-1992.
Selain itu, dia juga aktif sebagai Manager Program Kerja sama Hukum Pidana Indonesia-Belanda, Konsorsium Ilmu Hukum Fakultas Hukum, Universitas Diponegoro pada1989-1992.
Setelah menjadi guru besar, Muladi aktif mengajar di berbagai perguruan tinggi negeri dan swasta di Jawa maupun luar Jawa, seperti di Universitas Indonesia, Undip, Universitas Surabaya (Ubaya), Universitas Lampung, Universitas Sriwijaya, Universitas Pancasila, Unpad, PTHM termasuk PTIK. Dia juga menjadi pembina/Dosen Akademi Kepolisian RI kurun 1990-1995.
Karier Muladi menanjak saat Presiden Soeharto mengangkatnya menjadi Menteri Kehakiman Republik Indonesia Kabinet Pembangunan VII pada 1998.
Setelah berganti tampuk kepemimpinan ke Presiden BJ Habibie, ia dipercaya mengemban jabatan sebagai Menteri Kehakiman Republik Indonesia Kabinet Reformasi Pembangunan, ia juga dipercaya sebagai Menteri Sekretaris Negara pada 1999.
Dia pun dipercaya memimpin Delegasi Indonesia pada Pertemuan Tingkat Menteri tentang Mahkamah Pidana International (ICC) di Roma, pada 1998.
Muladi juga pernah mengemban jabatan sebagai Gubernur Lemhanas pada 2005 hingga 2011. Dia disebut sebagai teknokrat yang berhasil memantapkan fungsi Lemhanas.
Memantapkan fungsi sebagai lembaga pendidikan, menyiapkan kader dan memantapkan pimpinan tingkat nasional melalui segala usaha kegiatan dan pekerjaan.
“Meliputi, program pendidikan, penyiapan materi pendidikan, operasional pendidikan dan pembinaan peserta dan alumni serta evaluasi,” tulis laman resmi Unpad.