2002 – 2005
Saat validasi organisasi Kepoli kedudukan Direktorat Pol Airud berubah menjadi Direktorat Polisi Perairan dan Direktorat Polisi Udara 2002, tanggal 17 Oktober 2002 dengan sebutan Perairan Babinkam Polri dan pejabat Direktur Polair yang pertama adalah Brigjen Pol FX. Sunarno, SH.
Dengan tugas pokok Polisi Perairan adalah membina dan menyelenggarakan fungsi Kepolisian Perairan tingkat pusat dalam rangka melayani, memelihara keamanan ketertiban masyarakat dan penegakkan hukum di wilayah perairan Indonesia.
2005 – 2008
Berdasarkan Surat Keputusan Kapolri No. Pol. : Skep / 190 / 111 /2005, tanggal 3 Maret 2005 Pimpinan Polisi Perairan (Direktur Babinkam Polri) diserahterimakan kepada Brigadir Jenderal Polisi I Nengah Sutisna, MBA. Untuk melanjutkan tugas pokok Polisi Perairan tersebut selaku pimpinan yang baru selalu mengoptimalkan tugas menggunakan alut yang dimiliki saat ini yaitu sebanyak 44 unit kapal
2008 s/d 2009
Berdasarkan Skep Kapolri No.Pol. SKEP / 209 / VI / 2008 tanggal 6 Juni 2008 Lingkungan Kepolisian Negara Republik Indonesia, maka jabatan Direktur Kepolisian Perairan Babinkam Polri selanjutnya digantikan oleh Brigjen Pol. Drs. Abdu Perairan, menerapkan Penjabaran Program Akselerasi Utama Polri di Lingkungan Kepolisian Perairan
2009 – Sekarang
Berdasarkan Skep Kapolri No.Pol.: SKEP / 488 / X / 2009, tanggal 17 Oktober 2009 tentang pemberhentian dan pengangkatan jabatan di lingkungan Kepolisian Negara Republik Indonesia, maka resmilah Brigjen Pol Drs. Budi Hartono Untung menjabat sebagai Direktur Polair Babinkam yang baru sampai dengan sekarang.