Namun kemudian sekitar bulan Agustus 2021 diketahui terdapat Sertifikat Hak Pakai Nomor 06 tanggal 24 Desember 2014 Desa Juanga atas nama Pemda Kabupaten Pulau Morotai.
Sertifikat tersebut diklaim sebagai sertifikat sah yang di atas tanahnya berdiri bangunan Museum PD II dan Museum Trikora walaupun terdapat kejanggalan alamat yang tertera pada sertifikat tidak sama dengan lokasi aslinya Museum PD II dan Musuem Trikora yang berada di Desa Wawama (di sertifikat tertulis Desa Juanga).
Setelah dilakukan upaya pendekatan dan mediasi, dilanjutkan dengan hasil investigasi yang dilaksanakan oleh Kanwil BPN Provinsi Maluku Utara, berdasarkan perintah Kementerian Agraria dan Tata Ruang/Badan Pertanahan Nasional menyarankan agar TNI AU mengambil jalur hukum dengan gugatan ke PTUN.
Komandan Lanud Leo Wattimena, menindaklanjuti perintah Pangkoopsau III untuk mengajukan surat keberatan atas nama TNI AU di bawah Kemenhan atas terbitnya sertifikat Museum PD II dan Musuem Trikora Morotai ke BPN Morotai.
Walaupun sertifikat diterbitkan oleh Kantor BPN Halmahera Utara pada tahun 2014, karena menurut Kepala Kantor Pertanahan Halmahera Utara bahwa semenjak berdirinya Kantor definitf Pertanahan Kabupaten Pulau Morotai sejak 4 Februari 2021 lalu, maka segala urusan administrasi dan permasalahan pertanahan di Kabupaten Pulau Morotai menjadi tanggung jawab Kepala Kantor BPN Morotai.
Maka pada tanggal 20 Agustus 2021 TNI AU melalui Kuasa hukumnya mengajukan gugatan ke PTUN Ambon dengan Nomor Perkara: 24/G/2021/PTUN.ABN atas Sertifikat Hak Pakai Nomor 06 tanggal 24 Desember 2014 Desa Juanga atas nama Pemda Kabupaten Pulau Morota