Di bentuklah 3 peraturan perundang-undangan baru yaitu UU 2 tahun 2002 tentang Kepolisian Negara Republik Indonesia, UU no. 3 tahun 2002 tentang Pertahanan Negara, dan UU 34 tahun 2004 tentang Tentara Nasional Indonesia. Calon Panglima TNI saat ini harus diajukan Presiden dari Kepala Staf Angkatan untuk mendapat persetujuan DPR. Hak politik TNI pun dihilangkan serta dwifungsi ABRI dihilangkan.
Tugas pokok TNI saat ini dapat berupa operasi militer untuk perang atau operasi militer selain perang, yaitu untuk:
- mengatasi gerakan separatis bersenjata;
- mengatasi pemberontakan bersenjata;
- mengatasi aksi terorisme;
- mengamankan wilayah perbatasan;
- mengamankan objek vital nasional yang bersifat strategis;
- melaksanakan tugas perdamaian dunia sesuai dengan kebijakan politik luar negeri;
- mengamankan Presiden dan Wakil Presiden beserta keluarganya;
- memberdayakan wilayah pertahanan dan kekuatan pendukungnya secara dini sesuai dengan sistem pertahanan semesta;
- membantu tugas pemerintahan di daerah;
- membantu Kepolisian Negara Republik Indonesia dalam rangka tugas keamanan dan ketertiban masyarakat yang diatur dalam undang-undang;
- membantu mengamankan tamu negara setingkat kepala negara dan perwakilan pemerintah asing yang sedang berada di Indonesia;
- membantu menanggulangi akibat bencana alam, pengungsian, dan pemberian bantuan kemanusiaan;
- membantu pencarian dan pertolongan dalam kecelakaan (search and rescue); serta
- membantu pemerintah dalam pengamanan pelayaran dan penerbangan terhadap pembajakan, perompakan, dan penyelundupan.
Militer Indonesia melanjutkan keterlibatan dan kontribusinya misi penjaga perdamaian PBB melalui Kontingen Garuda. Setelah tahun 1999, pasukan Indonesia dikirim ke Afrika sebagai bagian dari Misi PBB di Republik Demokratik Kongo.
TNI juga telah menjadi bagian dari Pasukan Sementara PBB di Lebanon, UNAMID, UNSMIS, MINUSTAH, UNISFA, UNMISS, UNMIL.
Setelah darurat militer Aceh 2003-2004 & tsunami Aceh tahun 2004, pemerintah Amerika Serikat menghentikan embargo suku cadang yang telah berjalan terhadap senjata yang tidak mematikan dan kendaraan militer, untuk mendukung upaya kemanusiaan di daerah yang terkena dampak tsunami di Aceh dan Nias.
Sejak itu, Angkatan Udara Indonesia telah menandatangani kesepakatan untuk membeli lebih banyak pesawat angkut C-130. Pada tanggal 22 November 2005, Amerika Serikat mengumumkan bahwa hubungan militer dengan Indonesia akan dipulihkan secara penuh. Keputusan ini mengakhiri enam tahun larangan penjualan senjata Amerika Serikat ke Indonesia.
Pada tahun 2009 dikeluarkan Peraturan Presiden Nomor 43 Tahun 2009 Diarsipkan 2016-10-25 di Wayback Machine. tentang pengambilalihan aktivitas bisnis TNI. Semua bisnis TNI akan dikelola oleh sebuah badan khusus yang akan didirikan yang merupakan amanat dari Undang Undang No.34/2004 tentang Tentara Nasional Indonesia (TNI).