Dari tahun 1961 sampai 1963, TNI terlibat dalam operasi militer untuk pengembalian Irian Barat ke Indonesia, dari tahun 1962-1965 TNI terlibat dalam Konfrontasi Indonesia-Malaysia.
Indonesia mengembangkan hubungan baik dengan Uni Soviet pada periode tahun 1961-1965. Uni Soviet memberikan 17 kapal untuk Angkatan Laut Indonesia.
Kapal terbesar yang diberikan adalah kapal penjelajah kelas Sverdlov dengan bobot mati 16.640 ton, sangat besar juga dibandingkan dengan kapal korvet kelas Sigma yang hanya 1.600 ton. Indonesia memperoleh 12 kapal selam kelas Whiskey ditambah 2 kapal pendukung. Di Angkatan Udara Indonesia memiliki lebih dari seratus pesawat militer, 20 supersonik MiG-21s, 10 supersonik MiG-19, 49 MiG-17 dan 30 MiG-15.
Masa orde baru
Pada masa Orde Baru, militer di Indonesia lebih sering disebut dengan ABRI (Angkatan Bersenjata Republik Indonesia). ABRI adalah sebuah lembaga yang terdiri dari unsur angkatan perang dan kepolisian negara (Polri).
Pada masa awal Orde Baru unsur angkatan perang disebut dengan ADRI (Angkatan Darat Republik Indonesia), ALRI (Angkatan Laut Republik Indonesia) dan AURI (Angkatan Udara Republik Indonesia).
Namun sejak Oktober 1971 sebutan resmi angkatan perang dikembalikan lagi menjadi Tentara Nasional Indonesia, sehingga setiap angkatan sebut dengan TNI Angkatan Darat, TNI Angkatan Laut dan TNI Angkatan Udara.
Pada masa Orde Baru ketika Presiden Soeharto berkuasa, ABRI ikut serta dalam dunia politik di Indonesia. Keterlibatan militer dalam politik Indonesia adalah bagian dari penerapan konsep Dwifungsi ABRI yang kelewat menyimpang dari konsep awalnya.