Berjuang untuk Indonesia Tenggelamnya hati beliau dalam lautan ilmu tidak melupakannya untuk memikirkan negara dan berjuang berjuang untuk kemerdekaan negaranya.
Pada 1940 beliau hijrah ke Jakarta. Beliau membuka beberapa majelis ilmu di beberapa daerah. Selain berdakwah beliau juga menjadi pejuang terdepan untuk kemerdekaan Indonesia, Habib Salim ikut serta membakar semangat para pejuang untuk berjihad melawan penjajah Belanda, dengan tenaga, fatwa dan pidatonya yang berapi-api.
Oleh sebab itu ulama yang ahli berdebat dan orator ulung ini pernah ditangkap, baik di masa penjajahan Jepang maupun ketika Belanda. Dalam tahanan penjajah, ia sering disiksa, dipukul, ditendang dan bahkan disetrum.
Namun, itu semua tidak melunturkan semangatnya dalam berjuang dan berdakwah, demi amar makruf nahi munkar, menentang kebatilan dan kemungkaran ia tetap tabah, pantang menyerah.
Salah satu prinsip utama yang beliau teguhkan dalam hati adalah hubbul wathan minal iman, cinta tanah air adalah sebagian dari pada iman. Ketulusan beliau dalam berjuang untuk kemerdekaan sama sekali tanpa pamrih.
Tidak ada sedikit pun keinginan untuk dikenang atau dihargai, beliau tidak pernah memikirkan apakah akan dijadikan Pahlawan Nasional atau tidak. Karena beliau melakukan itu semata-mata karena lillahi Ta’ala dan kecintaanya pada negerinya.
Dikutip dari buku 45 Habaib Nusantara dijelaskan bahwa setelah Indonesia benar-benar merdeka dan aman, beliau kembali membuka majelis taklim yang diberi nama Qashar Al-Wafiddin.