Dengan lahirnya Djawatan Polisi Perairan maka seluruh wilayah Indonesia yang terdiri dari ribuan pulau yang tersebar di khatulistiwa, di tengah hamparan laut Indonesia yang sangat luas telah diantisipasi perlunya pemeliharaan keamanan dan ketertiban serta penegakan hukum.
Pada 1953 s/d 1958 berdasarkan Surat Perintah KKN No. Pol. : 2 / XIV/ 53, tanggal16 Januari 1953 dibentuk 2 (dua) Pangkalan Polisi Perairan masing-masing di Belawan dan Surabaya.
Terdorong dari kesulitan-kesulitan yang sering timbul dikarenakan kondisi geografis wilayah Nusantara maka dibentuklah Polisi Udara dengan SK Perdana Menteri Nomor. : 510.PM/1956 tanggal 5 Desember 1956, maka resmilah tanggal 1 Desember 1956 nama bagian Polisi Perairan dan Polisi Udara.
Baca Juga : Klinik Dokter Pribadi Mendiang Diego Maradona Digeledah Polisi
Kala itu dipimpin oleh Komisaris Besar Polisi RP. SUDARSONO, dengan memiliki 35 kapal dari berbagai type dan sebuah pesawat jenis Cesna-180.
Dengan Armada yang dimiliki Polisi Perairan dan Udara ikut serta dalam pemberantasan penyelundupan, bajak laut dan operasi-operasi militer seperti pemberantasan DI/TII di Aceh dan Pantai Karawang Jawa Barat.
Setelah melalui beberapa kali perombakan, penyempurnaan organisasi baru terjadi pada tahun 1985.
Satuan Utama Pol Air dilebur ke dalam Subditpol Air dan Satuan Utama Pol Udara menjadi Subditpol Udara.
Kedua subdirektorat ini beroperasi dibawah kendali Direktorat Samapta Polri. Dengan pertimbangan perkembangan situasi dan berdasarkan Skep Kapolri No. Pol.: Skep/ 9/V/ 2001, tanggal 25 Mei 2001 struktur Polairud dibawah Deops Kapolri dengan sebutan Dit Polairud Deops Polri.