Selanjutnya, berikut ini instruksi untuk Menteri Kesehatan (Menkes):
A. Mengalokasikan anggaran dalam rangka pelaksanaan Program Jampersal.
B. Menyusun dan menetapkan pedoman teknis pelayanan kesehatan bagi ibu hamil, bersalin, nifas, dan bayi baru lahir melalui Program Jampersal termasuk tata cara pembayaran klaim program Jampersal.
C. Melakukan pendataan dan menetapkan sasaran ibu hamil, bersalin, nifas, dan bayi baru lahir dalam Program Jampersal berkoordinasi dengan pemerintah daerah.
D. Melakukan pemetaan dan penetapan fasilitas pelayanan kesehatan pemberi layanan program Jampersal.
E. Memberikan persetujuan atas hasil verifikasi klaim yang dilakukan oleh Badan Penyelenggara Jaminan Sosial (BPJS) Kesehatan dan melakukan pembayaran klaim pelayanan Jampersal yang sudah terverifikasi kepada fasilitas pelayanan kesehatan sesuai alokasi yang ditetapkan dan dilaksanakan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.
F. Melakukan sinkronisasi, monitoring, dan evaluasi pelaksanaan Program Jampersal.
G. Berkoordinasi dengan Kementerian Sosial untuk mendaftarkan peserta Program Jampersal yang memenuhi kriteria fakir miskin dan orang tidak mampu menjadi peserta Penerima Bantuan Iuran (PBI) Jaminan Kesehatan.
H. melakukan interkoneksi sistem informasi klaim Program Jampersal Kementerian Kesehatan dengan sistem informasi BPJS Kesehatan.
I. Melaporkan pertanggungjawaban pemanfaatan dan realisasi anggaran Program Jampersal kepada Kementerian Koordinator Bidang Pembangunan Manusia dan Kebudayaan.