Neymar menyamakan kedudukan dari titik penalti di menit ke-66 setelah ia dilanggar oleh bek kanan berusia 18 tahun Malo Gusto.
Pelatih Lyon Peter Bosz tidak senang dengan panggilan itu.
“Bukan Malo yang melanggar Neymar, tapi Neymar yang meletakkan tangannya di atasnya dan melanggarnya,” kata Bosz. “Saya bisa mengerti jika wasit tidak melihatnya, tapi kemudian ada VAR.”
Presiden lama Lyon, Jean-Michel Aulas, melangkah lebih jauh dengan menyebut keputusan itu “penyimpangan” dan mengatakan wasit seharusnya menggunakan tinjauan video.
Messi nyaris mencetak gol di menit ke-32.
Dia menemukan Neymar di kiri dan berlari untuk memenuhi umpan balik cerdas Neymar, tetapi kiper Anthony Lopes membaca tembakan rendah Messi dengan baik dan menyangkalnya dengan kakinya.
Empat menit kemudian, Lopes terjebak di titik penalti saat Messi membentur mistar gawang dengan tendangan bebas dari jarak 25 meter.
Messi, yang gol terakhirnya di Liga Champions untuk Barca saat bertandang ke PSG pada leg kedua babak 16 besar musim lalu, juga membentur mistar gawang dalam hasil imbang 1-1 pada Rabu di Club Brugge.
PSG unggul lima poin dari rival sengitnya Marseille, setelah memainkan satu pertandingan lagi.
Marseille sebelumnya mengalahkan Rennes 2-0 untuk pindah ke tempat kedua dengan striker Bamba Dieng mendapatkan gol ketiganya dalam dua pertandingan.
Setelah Dieng menerima umpan silang dari gelandang Pol Lirola di menit ke-48, pemain pengganti Amine Harit mencetak gol di menit ke-70 setelah memotong dari sayap kiri.