Tim yang lolos ke babak 16 besar itu didominasi klub asal Pulau Jawa. Hanya empat tim dari luar Jawa, yakni Tornado FC (Pekanbaru), Waanal Brothers (Mimika), Persipani (Paniai), dan Kepri Jaya FC (Batam). Dari grup 1, dua tim yang lolos 16 besar adalah Persikota Tangerang dan Tornado FC. Sementara grup 4 diwakili dua tim asal Papua, Waanal Brothers dan Persipani Paniai. Babak 16 besar dijadwalkan berlangsung pada 19-24 Mei 2024 di empat stadion yaitu Stadion Benteng Tangerang, Stadion Letjen H. Soedirman, Stadion Sultan Agung Bantul, dan Stadion Mini Cibinong. Babak 16 besar akan terbagi menjadi empat grup, masing-masing grup berisi empat tim, yang terdiri dari dua tim juara dan dua tim runner up dari babak sebelumnya. Babak ini masih menggunakan sistem home tournament setengah kompetisi. Juara dan runner up masing-masing grup berhak lolos ke babak 8 besar. Kemudian untuk babak 8 besar, format kompetisinya masih sama seperti di babak sebelumnya dan berlangsung tanggal 27 Mei sampai 1 Juni 2024. Usai babak 8 besar, babak semifinal akan berlangsung tanggal 4 Juni 2024 dengan sistem knock out-single match, pemenang pertandingan akan lolos ke final pada 7 Juni 2024 nanti. Pembagian Grup Babak 16 Besar Liga 3 Putaran Nasional Grup A: Persibo Bojonegoro, PSM Madiun, Waanal Brothers FC, Persikas Subang Grup B: Persiku Kudus, NZR Sumbersari, Persekabpas Pasuruan, PSGC Ciamis Grup C: PCB Persipasi, Persipani Paniai, Dejan FC, Tornado FC Pekanbaru Grup D: 757 Kepri Jaya FC, Persiba Bantul, Persikota Tangerang, Adhyaksa Farmel FC Daftar Tim Lolos Babak 16 Besar: Grup A: Persikota, Tornado FC Grup B: Persipasi, Persikas Subang Grup B: Dejan FC, PSGC Ciamis Grup C: Waanal Brothers, Persipani Grup D: Persiku Kudus, Persiba Bantul Grup E: 757 Kepri Jaya FC, PSM Madiun Grup F: Persibo Bojonegoro, Adhyaksa Farmel Grup G: Persekabpas Pasuruan, NZR Sumbersari. (berbagai sumber) Editor: Yayu